Что значит "деактавировать"?

Выключить или разрушить до того состояния в котором они находятся в начале игры?

По отношению к Центральным воротам "деактивировать" означает их закрытие. После закрытия этих ворот тебе не будет доступны нейтральная и центральная соты и все здания находящиеся там тоже деактивируются и не будут работать.

Т. е. в случае нападения их можно закрыть, а через некоторое время открыть и таким образом избежать ограбления?

Сутки на закрывание и сутки на открывание.