Итак, имеем армию защиты весом в 5,5кк и 3 армии нападения:
Армия1 весом 24 418к и Армия2 весом 24 342к и Армия3 весом 24 347к. Армия1 дерется 6 минут 37 секунд, Армия2 дерется 6 минут 32 секунды, Армия3 дерется 6 минут 38 секунд. Т.е. Армия2 при самом маленьком весе дерется быстрее, чем более крупные.
Отсюда вопрос: это баг или фича такая ?

Это не баг.

В ФАКе Танкера. пункт 7.8 шаг 1 написано, что длительность раунда зависит только от соотношения веса атакующей и обороняющейся армии, и чем оно больше, тем меньше длинна раунда. Армия1 и Армия3 полностью подпадают под это утверждение. Армия2 не попадает, т.к. у нее соотношение меньше чем у Армии3, но дерется она не дольше, а меньше на целых 6 секунд. Раз это не баг, то не могли бы Вы озвучить какие еще факторы влияют на длительность боя.

Вопрос возник собственно, из-за того что вторая волна закончила бой не второй как планировалось, а первой, что нарушило весь план боя.

Ну Вы логи конкретно дайте. Я так Вам ничего сказать не могу.
Предполагаю что вы анализатором пользовались для просмотра логов, а он неверно веса обсчитавает немного по другому алгоритму,поэтому появляются несовпадения..