Можно ли потерять колонию?

Нет!

Т.е. можно застраивать всю соту учёными и архами, и не парится о защите?

Конечно. Почти с каждого игрока есть такая "научная" колония. А вот в централи, на камне - советую построить военные заводы. Даже если тебе эти юниты не пригодятся, их всегда можно очень выгодно продать (с накруткой 30-50%)...