Просто ферму могу построить, а можно ли модернизировать плантацию в ферму?

Это все есть в том числе торговля.
Шпионаж тоже нужен? Как его исследовать?
Вопрос в том каким образом произвести этот апгрейд

у тебя должно быть достаточно ресурсов, уровень развития еды 4
а тагже должна быть свободна строительная фабрика т. е. у тебя не могут одновременно строиться или усовершенствоваться более 3 зданий

если все это у тебя имееться то надо войти в плантацию и там появиться кнопка (около кнопки снести, с права) кнопка кажеться с надписью усовершенствовать (или преобразовать) в общем что то в этом духе...
для того чтобы узнать что требуется для каких зданий и что они дают и берут при постройке залезь на страничку
http://fightcats.com/sfera/proj.php?page=buildings

вроде все

Шпионаж не нужен!
После того как ты достиг нужного кол-ва наук, в инфе плантации появиться кнопочка апгрейдить (у тебя должно хватать ресурсов и человек). ресурсов 80% от общей стоимости фермы!